ANTE BUBIĆ

Karakterizacija enzima AdSS iz bakterije Helicobacter pylori računalnim i eksperimentalnim metodama

Helicobacter pylori je Gram-negativni mikroaerofilni patogen koji se nastanjuje na sluznici želuca. Ova bakterija je uzročnik raznih bolesti gastrointestinalnog trakta kao što su kronični gastritis, gastroezofagijalna refluksna bolest, čir na dvanaesniku, pa i adenokarcinom želuca. Purini i pirimidini su esencijalni za metabolizam i dijeljenje svih živih organizama, stoga su metabolički putevi njihove sinteze potencijalne mete od velikog interesa za razvoj novih terapeutika. Bioinformatička analiza je pokazala da H. pylori posjeduje gene samo za proteine reciklirajućeg metaboličkog puta biosinteze purina. Adenilosukcinat sintetaza (AdSS) je esencijalan enzim u biosintezi purina, bilo de novo, bilo reciklirajućim (eng. salvage) putem. Cilj ovog doktorskog rada je detaljna karakterizacija enzima AdSS iz bakterije Helicobacter pylori računalnim i eksperimentalnim metodama. Eksperimentalne metode će uključivati određivanje kinetičkih konstanti reakcije sa i bez inhibitora te određivanje konstanti vezanja supstrata (i inhibitora) u aktivno mjesto. Računalnim metodama istraživat će se interakcije ostvarene vezanjem supstrata i poznatih inhibitora u aktivno mjesto AdSS, prvenstveno simulacijama molekulske dinamike koje će se provesti na modelu izgrađenom homolognim modeliranjem. Primarni znanstveni doprinos ovog rada jest detaljna karakterizacija enzima AdSS iz bakterije H. pylori, jednog od ključnih u sintezi purina, koja bi trebala omogućiti razumijevanje interakcija i pozicioniranja liganada (supstrata i inhibitora) u aktivno mjesto. Ta saznanja bi mogla omogućiti bolje razumijevanje mehanizma djelovanja ove sintetaze, te bi u konačnici karakterizacija ovog enzima mogla omogućiti dizaniranje novih inhibitora, potencijalnih lijekova protiv infekcije bakterijom H. pylori.

Mentor: dr. sc. Ivana Leščić Ašler (Institut Ruđer Bošković)

Natječajni rok: DOK-2015-10

Ante Bubić rođen je 1993. u Splitu. Osnovnu školu i opću gimnaziju završio je u Trogiru. Diplomu sveučilišnog prvostupnika kemije stekao je na Kemijsko-tehnološkom fakultetu Sveučilišta u Splitu, a diplomu Magistra kemije (grana analitička kemija i biokemija) na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Na istom fakultetu (PMF Zagreb) upisao je poslijediplomski sveučilišni studij kemije 2017.g. Do sada je objavio jedan znanstveni rad, sudjelovao na 5 domaćih ili inozemnih kongresa/tečaja s posterskim ili usmenim priopćenjima, te na 5 radionica. Sudjelovao je u nastavi kao asistent na nekoliko kolegija na PMF Zagreb. Član je HDBMB, HKD i HDIR.