Nakon provedenoga vrednovanja paneli za vrednovanje utvrđuju udovoljavaju li pojedini projektni prijedlozi postavljenim kriterijima te odlučuju hoće li ga preporučiti za financiranje. Projektne prijedloge za koje panel utvrdi da su zadovoljili kriterije te koji dobiju preporuku za financiranje potrebno je rangirati.

Nakon što svaki panel izradi svoju rang listu, koordinatori svih panela na razini znanstvenih područja na sastanku utvrđuju konačne rang liste projektnih prijedloga koji se predlažu za financiranje, uzimajući u obzir rezultate vrednovanja, dostupnost financijskih sredstava te ujednačenost razvoja znanstvenih polja i grana u okviru znanstvenoga područja.

Temeljem rezultata vrednovanja i preporuka panela za vrednovanje Upravni odbor Zaklade donosi odluku o otvaranju financijskih pregovora. Tijekom postupka financijskih pregovora predlagatelji projektnih prijedloga dorađuju radni i financijski plan projekta prema preporukama i komentarima recenzenata i panela za vrednovanje. Dorađene radne i financijske planove pregledavaju članovi panela za vrednovanje koji obavještavaju Ured Zaklade jesu li oni dorađeni sukladno preporukama i komentarima. Pregovori ne mogu trajati dulje od 2 mjeseca od dana kada je predlagatelj projektnoga prijedloga zaprimio obavijest o rezultatima vrednovanja. Navedeni rok ne odnosi se na vrijeme pribavljanja potrebnih potvrda koje izdaju nadležna tijela u skladu s važećim propisima. U slučaju da pregovori nisu završeni u predviđenom roku, Upravni odbor može odnijeti odluku o nefinanciranju projektnoga prijedloga.

Nakon uspješno provedenoga postupka financijskih pregovora Ured Zaklade prosljeđuje Upravnom odboru konačne verzije radnoga i financijskoga plana nakon čega Upravni odbor donosi odluku o prihvaćanju projekata za financiranje. Nakon toga Zaklada, voditelj projekta i Organizacija potpisuju Ugovor o dodjeli sredstava. U slučaju da financijski pregovori nisu uspješno provedeni, Upravni odbor donosi odluku o nefinanciranju projektnoga prijedloga.