Dr. sc. Filip Varga zaposlen je kao viši asistent na Zavodu za biljnu bioraznolikost na Sveučilištu u Zagrebu Agronomskom fakultetu. Njegov znanstveni interes uključuje nekoliko područja. Dominantno se bavi istraživanjem bioraznolikosti ljekovitog i aromatičnog bilja na području Republike Hrvatske s naglaskom na vrste koje su ušle u kultivacijsku prasku, a imaju divlje srodnike koji posjeduju potencijal za dodatno oplemenjivanje; vrste koje su autohtone za područje RH, posjeduju potencijal za uzgoj; ili pak vrste koje su u prošlosti bile uzgajane na našim prostorima, no danas se smatraju zapostavljenima. Primjer takve vrste je dalmatinski buhač (Tanacetum cinerariifolium Trev./ Schultz Bip.), čija je biokemijska i genetska raznolikost bila i tema Filipove doktorske disertacije, koju je obranio 2021. godine. U okviru programa MOBODL Filip je proveo godinu dana na Biotehničkom fakultetu Sveučilišta u Ljubljani, gdje mu je mentor-domaćin bio prof. dr. sc. Jernej Jakše.
1. Koji je bio glavni cilj Vašeg boravka u Ljubljani i kojom temom istraživanja ste se bavili?
Glavni cilj mojeg boravka bio je stjecanje novih vještina u području upravljanja uzoraka i podataka u molekularnom laboratoriju te bioinformatičkih alata korištenih u obradi podataka dobivenih sekvenciranjem nove generacije (engl. next generation sequencing – NGS). Boravak mi je omogućio da dobijem uvid u dobre prakse u ovim područjima te da ih primijenim nakon usavršavanja na matičnoj instituciji.
2. S kime ste sve surađivali tijekom boravka i kako je izgledao Vaš tipičan radni dan na Biotehničkom fakultetu?
Tijekom boravka najviše sam surađivao s mentorom prof. dr. sc. Jernejem Jakšeom pogotovo u području obrade podataka dobivenih sekvenciranjem. Neizostavni su i drugi djelatnici Katedre za genetiku, biotehnologiju, statistiku i oplemenjivanje bilja Odjela za agronomiju kao što su prof. dr. sc. Zlata Luhtar, prof. dr. sc. Nataša Štajner koji su mi ponudili svoje vrijeme, znanje i iskustvo u pojedinim etapama usavršavanja. S mlađim kolegicama i kolegama imao sam prilike pričati o istraživanjima u sklopu njihovih doktorskih disertacija te načinima kako ih unaprijediti.
Moj tipičan radni dan početkom tjedna započinjao je jutarnjim sastankom s mentorom gdje smo isplanirali obim i tempo rada za taj tjedan. Ostatak radnog dana uglavnom sam prolazio razne tečajeve vezane uz programske jezike Visual Basic i Python do određenog stupnja pomoću kojih sam polako počeo graditi skripte koje sam zatim implementirao u bazu podataka za upravljanje laboratorijskim uzorcima ili hodograme za analizu podataka dobivenih sekvenciranjem.
3. Postoje li neke specifičnosti ili razlike u načinu rada, pristupu istraživanju ili organizacijskoj kulturi u odnosu na Vašu matičnu instituciju?
Obje institucije – Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet i Biotehnički fakultet Sveučilišta u Ljubljani dijele niz zajedničkih principa rada što mi je uvelike olakšalo boravak i rad u novom okruženju. Svakako bih naveo poticanje znanstvenog rada i izvrsnosti kao i interdisciplinarni pristup u istraživanjima kroz veliku slobodu suradnje među odjelima pa čak i fakultetima ne samo u znanosti, već i u nastavi. Ono što bih izdvojio kao veliku razliku u radu naše dvije institucije je informatička podrška koja je u Ljubljani tijekom boravka bila na visokoj razini, a za moje usavršavanje od neizmjerne važnosti.
4. Jeste li sudjelovali u nekim dodatnim aktivnostima tijekom boravka?
Jedno od dodatnih iskustava bilo je sudjelovanje na međunarodnom kongresu „10th Congress of the Genetic Society of Slovenia & 10th Meeting of the Slovenian Society for Human Genetics“ u Portorožu gdje sam putem postera predstavio preliminarne rezultate zajedničkog istraživanja genetske raznolikosti dalmatinskog buhača pod nazivom „Genetic diversity and structure of Dalmatian pyrethrum populations: result of historical overexploitation?“. Djelatnici katedre također svake godine organiziraju manje događaje kao što je LABijada, malo natjecanje za djelatnike u laboratorijskim tehnikama, što mi je omogućilo da upoznam kolege u neformalnom ugođaju i bolje se uklopim.
5. Što biste istaknuli kao najvrjednije iskustvo iz ovog studijskog boravka?
Vjerojatno najvrjednije iskustvo u ovom boravku bila je silna količina novih znanja, vještina koje sam usvojio te novi alati s kojima sam imao prilike raditi. To bi bilo nemoguće u normalnim radnim uvjetima, a ova mi je stipendija omogućila da se u potpunosti posvetim usavršavanju i znanstvenom radu na godinu dana u vrhunskom akademskom okruženju. Iako sam u dijelu usavršavanja bio samostalan, mentor, a i ostali kolege bili su mi na raspolaganju cijelo vrijeme za sva moja pitanja i nedoumice.
6. Kako je bilo živjeti godinu dana u Ljubljani? Jeste li imali neke izazove s kojima ste se suočavali tijekom boravka? Je li Vam iznos stipendije bio dovoljan za pokrivanje svih troškova?
Ljubljana je puno manja od Zagreba te sam često obavljajući svakodnevne obaveze zapravo prošetao umjesto da koristim javni prijevoz. Kako sam od malih nogu izložen slovenskom jeziku, jezične barijere nije uopće bilo, a vjerujem da sam malo i unaprijedio znanje jezika u govoru. Vjerojatno najveći izazov bio je onaj osobni, odvojiti se od voljenih na godinu dana. S obzirom da smo vlasnici dva psa koji su prilično aktivni, jedan od njih dvoje otputovao je sa mnom u Ljubljanu na godinu dana da mi pravi društvo. On mi je bio veliki poticaj da što više vremena provedem na otvorenom pa smo svakodnevno vrijeme provodili na Starom gradu ili Golovcu koji su nam bili na dohvat ruke ili vikendima u parku Tivoli. Pokoji vikend posjetili su nas prijatelji ili partner i drugi pas pa smo to vrijeme iskoristili i za istraživanje drugih dijelova Slovenije koja je stvarno dragulj prirode.
Iako su troškovi života nešto veći u Sloveniji nego u Hrvatskoj, iznos stipendije bio je dovoljan da pokrije sve troškove.
Sažetak Filipovog usavršavanja:
Analiza genetske raznolikosti samoniklih populacija ljekovitog i aromatičnog bilja od velikog je značaja za uspostavu oplemenjivačkih programa usmjerenih prema razvoju komercijalnih kultivara otpornih na klimatske potrebe. Pojava novih metoda sekvenciranja (kao što je sekvenciranje sljedeće generacije) koje uvelike ubrzavaju razvoj molekularnih biljega te sklapanje genoma zahtjeva i napredna znanja i vještine iz područja bioinformatike kao što su rad sa genomskim serverima te napredno poznavanje programskog jezika Python. U sklopu ovog usavršavanja plan je sekvencirati genome vrsta iz rodova Teucrium i Salvia koji imaju potencijal za razvoj novih kultivara otpornih na promjene klimatskih uvjeta. Upravljanje DNA uzorcima u genetskim laboratorijima ubrzava tijek rada u pripremnim fazama genetskih istraživanja, a uspostava baza podataka za DNA uzorke omogućuje praćenje te ponovnu upotrebu podataka dobivenih molekularnim analizama. Ovo usavršavanje omogućit će uspostavu takve baze podataka za Kolekciju ljekovitog i aromatičnog bilja Nacionalne banke biljnih gena koju održava Zavod za biljnu bioraznolikost Sveučilišta u Zagrebu Agronomskog fakulteta na temelju iskustava djelatnika genetskog laboratorija u sklopu Katedre za genetiku, biotehnologiju, statistiku i oplemenjivanje bilja Biotehničkog fakulteta Sveučilišta u Ljubljani.