Josipa Lipovac zaposlena je na Fakultetu elektrotehnike i računarstva u Zagrebu, na Zavodu za elektroničke sustave i obradbu informacija kao dio ŠikićLab-a pod vodstvom prof. dr. sc. Mile Šikića. Josipa u svojem doktoratu radi na izradi sustava za metagenomsku analizu koji bi uključivao preciznu klasifikaciju DNA očitanja iz metagenomskog uzorka na najnižoj taksonomskoj razini soja. U okviru programa MOBDOK Josipa je provela pet mjeseci na Institute for Research in Computer Science and Random Systems (IRISA), gdje joj je Mentor-domaćin bio dr. sc. Riccardo Vicedomini.
Zašto ste odabrali institut IRISA i GenScale tim kao Organizaciju-domaćin odnosno dr. sc. Vicedominija kao Mentora-domaćina? Jeste li Vi ili netko iz Vaše istraživačke grupe prethodno surađivali s mentorom ili članovima istraživačke grupe?
Glavni cilj ove mobilnosti bio je povezivanje s većom istraživačkom grupom koja se bavi razvojem metoda u području mog doktorskog istraživanja, s ciljem produbljivanja znanja i stjecanja dodatnog istraživačkog iskustva. U početku sam se, u okviru priprema za mobilnost, obratila drugom istraživaču, voditelju grupe čiji je član bio dr. sc. Vicedomini. Na temelju opisa mog istraživačkog projekta, prepoznao je potencijal za suradnju i preporučio da se obratim upravo GenScale timu u Rennesu.
GenScale je poznat po razvoju naprednih bioinformatičkih alata za metagenomske analize, što je izravno povezano s temom mog doktorskog rada. Iako do tada nije bilo prethodne suradnje ni s mentorom ni s članovima te grupe, ova mobilnost postala je temelj za uspostavu nove, vrlo produktivne znanstvene suradnje.
Jesu li Vaša očekivanja koja ste imali prilikom prijave ispunjena? Je li trajanje studijskog boravka bilo dovoljno za ispunjavanje postavljenih ciljeva? Na koji način će se ovaj studijski boravak odraziti na Vašu doktorsku disertaciju?
Moja očekivanja ovom mobilnošću su i više nego ispunjena. Primarno sam željela steći iskustvo rada u većoj istraživačkoj grupi, a upravo to iskustvo otvorilo mi je dodatne prilike za profesionalni rast. Sudjelovanjem u diskusijama, internim seminarima i gostujućim predavanjima unutar GenScale tima, dodatno sam ojačala samopouzdanje u vlastitom istraživanju i dobila širi uvid u načine na koje funkcioniraju istraživačke grupe u Francuskoj. Suradnja s mentorom-domaćinom i članovima tima bila je iznimno korisna na više razina, od tehničkog znanja do strateškog pristupa istraživačkom radu.
Boravak je trajao pet od mogućih šest mjeseci. Iako mi je to vrijeme vrlo brzo prošlo i sada mi je čak žao što nisam ostala još mjesec dana, postavljeni ciljevi su u potpunosti ostvareni. Ova mobilnost značajno je pridonijela mom doktorskom istraživanju. Okružena stručnjacima iz vlastitog istraživačkog područja, u relativno kratkom vremenu uspjela sam realizirati velik dio planiranih aktivnosti koje su ključne za moju disertaciju.
Koje su glavne razlike između Vaše matične institucije i Organizacije-domaćina u pogledu infrastrukture, uvjeta za rad, međuljudskih odnosa i slično?
Glavna razlika između moje matične institucije i Organizacije-domaćina je u organizacijskoj strukturi i veličini istraživačkog okruženja. IRISA okuplja više od 40 istraživačkih laboratorija koji se bave različitim područjima računarstva, a unutar instituta djeluju i tri bioinformatička tima s ukupno gotovo 70 članova.
Takvo okruženje omogućava dinamičnu znanstvenu zajednicu s čestom međusobnom komunikacijom među timovima. Zajedničke pauze i neformalne interakcije dodatno potiču interdisciplinarnu suradnju i razmjenu ideja.
U mom domaćinskom timu vladala je vrlo pozitivna atmosfera, istovremeno opuštena i izrazito poticajna za rad. Stekla sam dojam da članovi tima zaista uživaju u onome što rade, što se pozitivno odražava na cijelo radno okruženje i međuljudske odnose.
I za kraj, kakvi su Vaši dojmovi iz Rennesa? Koliko je bilo lako/teško pronaći smještaj, je li Vam iznos dobivene stipendije bio dovoljan za pokrivanje troškova života i sl.?
Iskreno, prije dogovora oko mobilnosti nisam ni znala za Rennes, ali mi je izuzetno drago što sam ga imala priliku upoznati. Riječ je o veoma živom studentskom gradu koji ima dva velika sveučilišta pa zbog toga u gradu vlada dinamična i otvorena atmosfera s puno mladih ljudi i raznih događanja. Kao glavni grad regije Bretanje, Rennes nudi i jedinstveni uvid u bogatu bretonsku tradiciju, gastronomiju i kulturu. Osim toga, u neposrednoj je blizini sjeverozapadne francuske obale, koja obiluje prekrasnim mjestima i kulturnim sadržajem.
Iako sam odlazila sa strahom da ću zbog nepoznavanja francuskog jezika naići na razne poteškoće, vrlo brzo sam se uvjerila u otvorenost i srdačnost lokalnih stanovnika koji su uvijek bili spremni pomoći, što mi je uvelike olakšalo svakodnevicu.
S obzirom na to da je riječ o studentskom gradu, pronalazak smještaja može biti izazovan zbog velike potražnje. Imala sam sreću što mi je mentor domaćin pomogao u pronalasku smještaja prije dolaska i tako dodatno smanjio stres oko preseljenja. Troškovi života u Rennesu su umjereni, osobito u usporedbi s većim francuskim gradovima, pa je iznos dobivene stipendije bio sasvim dovoljan za pokrivanje svih troškova boravka.
Sažetak Josipinog usavršavanja:
Josipa Lipovac, asistentica i doktorandica na Fakultetu elektrotehnike i računarstva, pri Laboratoriju za bioinformatiku i računalnu biologiju te članica ŠikićLab-a, u sklopu svog doktorskog istraživanja radi na poboljšanju klasifikacije metagenomskih uzoraka dugih očitanja na taksonomskoj razini soja. Pod mentorstvom doc. dr. sc. Krešimira Križanovića radi na razvijanju metode za redukciju velike referentne baze genoma koja bi se prvenstveno koristila u kontekstu uspješnije klasifikacije metagenomskog uzorka na taksonomskoj razini soja. Spomenuta metoda temelji se na de novo sastavljanju metagenoma. Na usavršavanju asistentica će surađivati s dr.sc. Riccardom Vicedominijem i njegovim GenScale laboratorijem s IRISA instituta u Rennesu. Pripadnici spomenutog laboratorija te mentor-domaćin iskusni su znanstvenici u području de novo sastavljanja metagenoma na taksonomskoj razini soja te će pomoći asistentici na usavršavanju njezinog istraživanja koje će očekivano biti objavljeno u koautorstvu s njima na nekoj od međunarodnih bioinformatičkih konferencija ili u nekom od vodećih međunarodnih bioinformatičkih časopisa.