Hrvatsku zakladu za znanost osnovao je Hrvatski sabor posebnim zakonom (NN 117/2001) 21. prosinca 2001. godine kao Nacionalnu zakladu za znanost, visoko školstvo i tehnologijski razvoj Republike Hrvatske. Zaklada je osnovana radi promocije znanosti, visokog školstva i tehnologijskog razvoja u Republici Hrvatskoj te potpore znanstvenim, visokoobrazovnim i tehnologijskim programima i projektima. Od 2009. godine Zaklada djeluje pod imenom Hrvatska zaklada za znanost.
Od svojega osnutka Zaklada je financirala kompetitivne znanstvene, razvojne i inovacijske projekte. Zakonskim izmjenama iz 2009. i 2012. godine (NN 78/2012.) započelo je novo poglavlje u radu Zaklade jer je Zaklada 2013. godine od Ministarstva znanosti i obrazovanja preuzela financiranje nacionalnih znanstveno-istraživačkih projekta, a 2014. godine i financiranje razvoja karijera mladih istraživača.
Na temelju dopisa Ministarstva financija Republike Hrvatske od 21. rujna 2021. godine, Zaklada je s danom 1. siječnja 2022. postala proračunski korisnik državnog proračuna na razdjelu Ministarstva znanosti i obrazovanja. Time je Zaklada postala obveznik primjene proračunskog knjigovodstva, a prema odredbama Zakona o državnom proračunu i Zakona o izvršenju državnog proračuna može raspisivati natječaje sukladno raspoloživim sredstvima koja su joj dodijeljena u Državnom proračunu te financijskim planom za tekuću godinu i projekcijama za sljedeće godine koji moraju biti u potpunosti usklađene s Državnim proračunom za tekuću godinu i projekcijama za sljedeće godine. Dana 28. svibnja 2022. na snagu je stupio novi Zakon o Hrvatskoj zakladi za znanost (NN 57/22) kojim su definirani poslovi i odgovornosti postojećih tijela (Upravnog odbora, Upravitelja) i novog tijela (Povjerenstva za prigovore).
Kako bi se osigurali odabir i financiranje najboljih projekata, Zaklada je razvila dvorazinski postupak vrednovanja projektnih prijedloga. Postupak vrednovanja temelji se na međunarodno prihvaćenoj praksi istorazinskog vrednovanja (engl. peer review), u kojem sudjeluju inozemni znanstvenici, i na praksi panel-vrednovanja, u koje su uključeni hrvatski znanstvenici.
Potporom kvalitetnim projektima i istraživačima Zaklada omogućuje provođenje vrhunskih istraživanja u hrvatskim znanstvenim ustanovama, a time također omogućuje natjecanje za međunarodno kompetitivne projekte. Što se tiče razvoja karijera mladih istraživača, naglasak je stavljen na: uključivanje doktoranada u istraživački rad s primarnim ciljem izrade doktorske disertacije, smanjenje prosječnog trajanja doktorskoga studija i stjecanje doktorske disertacije u 4 godine te sustavno praćenje i vrednovanje postignutih rezultata na doktorskom studiju i u znanstveno-istraživačkom radu. Tako doktorandi postaju konkurentni svojim kolegama u inozemstvu te im se pruža veća mogućnost poslijedoktorskog usavršavanja u izvrsnim istraživačkim grupama.
Zaklada je postala punopravna članica organizacije Science Europe u svibnju 2013. godine. Science Europe okuplja nacionalne organizacije koje financiraju kompetitivna znanstvena istraživanja radi promoviranja zajedničkih interesa te definiranja polazišta za zajedničko komuniciranje s nacionalnim vladama i tijelima EU o pitanjima znanstvenih politika.
Najvažniji kriteriji kojima se Zaklada vodi u svojem radu jesu izvrsnost znanstvenih istraživanja te nepristranost u radu u postupku dodjele, vrednovanja, financiranja i praćenja potpore znanstvenim projektima. Kako bi se osiguralo financiranje najboljih projekata i istraživača, projektni prijedlozi upućuju se na procjenu neovisnim međunarodnim stručnjacima. Zaklada se drži načela vrednovanja znanstvene izvrsnosti (Statement of Principles for Scientific Merit Review te Statement of Principles for Scientific Merit Review 2018.), koja utjelovljuju najviše međunarodne standarde stručne procjene, transparentnosti, nepristranosti, povjerljivosti, etičnosti i znanstvenog integriteta.
Vrednovanje se provodi objektivnom znanstvenom i stručnom recenzijom koja se temelji na prihvaćenoj međunarodnoj praksi istorazinske procjene (engl. peer review), vodeći pritom računa o znanstvenoj izvrsnosti, izvedivosti i utjecaju projekta te uravnoteženom razvoju znanstvenih područja i polja. Definiran je postupak kojim se prepoznaje sukob interesa i onemogućuje sudjelovanje osoba za koje je utvrđen sukob interesa u postupku vrednovanja.
Potpore znanstvenim istraživanjima dodjeljuju se isključivo na temelju javnih natječaja, a svi se natječaji raspisuju sukladno Planu rada, koji se objavljuje na mrežnim stranicama Zaklade na početku kalendarske godine.
Prilikom objave natječaja na mrežnim stranicama dostupna je cjelokupna natječajna dokumentacija i svi obrasci za vrednovanje kako bi prijavitelji bili upoznati s kriterijima na temelju kojih se procjenjuju projektne prijave. Stručne službe Zaklade redovito odgovaraju na sva postavljena pitanja. Odgovori se objavljuju na mrežnim stranicama u unaprijed definiranim terminima kako bi svima bili jednako dostupni. Sve se odluke panela za vrednovanje i Upravnog odbora temelje na jasno opisanim i unaprijed objavljenim pravilima, procedurama i kriterijima vrednovanja.
Podaci o financiranim projektima, imenima voditelja projekata, mentora i doktoranada, nalaze se u bazi objavljenoj na mrežnim stranicama Zaklade. Na mrežnim stranicama Zaklade također su dostupna godišnja izvješća o radu Zaklade, financijska izvješća, revizorska izvješća, Statut, pravilnici, poslovnici te ostali normativni akti, plan nabave i godišnji planovi rada.
Recenzenti uključeni u postupak vrednovanja biraju se na temelju unaprijed utvrđenih kriterija, koji uključuju nužno poznavanje teme predloženog istraživanja i stručnost. Sve osobe uključene u postupak vrednovanja obvezne su čuvati povjerljivost svih podataka navedenih u projektnim prijedlozima koji su im dani na uvid radi vrednovanja. Ta je obveza trajna te vrijedi i nakon završetka postupka vrednovanja. Vrednovateljima nije dopušteno raspravljati o projektnim prijedlozima s osobama koje nisu uključene u postupak vrednovanja. Također nije dopuštena ni komunikacija o projektima s prijaviteljima projekata. Svaki sudionik u postupku vrednovanja osobno je odgovoran za povjerljivost informacija kojima raspolaže, kao i za sve dokumente vezane uz sadržaj projekta te ne smije odavati informacije o projektima.
Najvažnija načela u cjelokupnom postupku vrednovanja jesu etičnost, integritet te profesionalna i znanstvena odgovornost, stoga je njihovo očuvanje dužnost svih osoba uključenih u postupak vrednovanja. Vrednovanje projektnih prijedloga podrazumijeva neovisno znanstveno vrednovanje na temelju kojega se omogućuje utvrđivanje znanstvene kakvoće predloženog istraživanja.
