Zaklada je potpisala Multilateral Lead Agency Agreement u okviru kojega se hrvatskim znanstvenicima omogućuje da se prijavljuju na natječaje drugih agencija koje sudjeluju u ovom Sporazumu i obratno. Sporazum se provodi po načelu „vodeće agencije” (eng. Lead Agency), što znači da jedna agencija provodi cjelokupni postupak prijave i vrednovanja u okviru jednog natječaja, odnosno nisu potrebne dvostruke prijave. 

Zaklada je u okviru ovog programa provela natječaj Bilateralni slovensko-hrvatski projekti (IPS-2020-01), u kojemu je Javna agencija za raziskovalno dejalnost Republike Slovenije imala ulogu vodeće agencije. U ljeto 2021. godine trebao bi se objaviti novi bilateralni natječaj s ARRS-om u kojemu će HRZZ imati ulogu vodeće agencije. U ljeto 2020. objavljen je i bilateralni natječaj sa Švicarskom nacionalnom zakladom za znanost (SNSF) – IPCH-2020-10.

U prosincu 2020. pokrenut je Weave, transeuropska inicijativa za financiranje vrhunskih međunarodnih istraživačkih projekata, koju je pokrenulo dvanaest nacionalnih organizacija za financiranje istraživanja iz jedanaest zemalja, uz potporu organizacije Science Europe.  Ovo je prva inicijativa tako velikih razmjera kojom će se omogućiti bilateralna i trilateralna suradnja u Europi.

Cilj ove inicijative jest pojednostavniti postupke prijave i odabira zajedničkih projektnih prijedloga u kojima sudjeluju istraživači iz najviše tri europske zemlje ili regije na način da se provodi jedno vrednovanje. Ovaj se cilj ostvaruje korištenjem postojećih nacionalnih ili regionalnih programa financiranja u okviru kojih će se financirati zajednički istraživački projekti. Znanstvenicima se nastoji olakšati prekogranična suradnja te se ujedno teži jačanju njihove autonomnosti pri određivanju sastava, teme i sadržaja njihovih projekata.