Programom „Znanstvena suradnja” potiču se znanstvena istraživanja kroz financiranje suradničkih projekata srednje veličine. Podupiru se istraživački projekti u Hrvatskoj koji doprinose ciljevima Fonda i koji uključuju suradnju s hrvatskom znanstvenom i stručnom dijasporom. 

Cilj je programa „Znanstvena suradnja” privući perspektivna znanstvena istraživanja u hrvatske tvrtke i institucije zajedno s njihovim međunarodnim ili privatnim financiranjem, pripadajućim znanjem, tehnologijom i potencijalnim znanstvenim rezultatima.

U okviru ovog programa financirane su sljedeće potpore: 

• Potpora 1A „Na putu kući” (2009.)
• Potpora 1B „Preko granice” (2015.)
• Potpora 1C „Moja prva suradnja” (2016.)