Vođenje projekta potrebno je organizirati prema najvišim profesionalnim standardima i pravilima struke te u skladu s normativnim aktima HRZZ-a, natječajem, propisanim ugovorom o dodjeli sredstava te odobrenim financijskim planom projekta. Financijski plan prijavljen kao dio projektne dokumentacije bio je jedan od elemenata vrednovanja stoga po završetku vrednovanja nije moguće u njega dodavati stavke niti ga povećavati već ga je obvezno uskladiti s preporukama stručnih tijela koje su ga vrednovala. Financiranje je uvjetovano tim izmjenama, pa ako je nužno i smanjenjem iznosa financiranja. S obzirom na važnost racionalnoga postupanja s javnim sredstvima potrebno je financijski plan sastaviti tako da bude realističan te da odgovara potrebama projekta uvažavajući spomenute preporuke. Sredstva za provedbu istraživačkoga projekta potrebno je koristiti svrsishodno kako bi se postigli planirani rezultati.