Kronične upalne bolesti crijeva (inflammatory bowel disease, IBD) su imunoposredovane bolesti probavnog sustava koje uključuju ulcerozni kolitis, Crohnovu bolest te neklasificiranu upalnu bolest crijeva. Etiologija i patogeneza IBD-a nisu u potpunosti razjašnjeni. Danas se kao jedan od mogućih mehanizama nastanka bolesti spominje neadekvatan imunološki odgovor na crijevnu mikrobiotu/crijevni sadržaj u genetski predisponiranih osoba. Budući da utječe na crijevnu mikrobiotu, prehrana se često spominje kao važan okolišni čimbenik u etiologiji IBD-a. Porast incidencije IBD-a u razvijenim zemljama svijeta koincidira s visokim unosom jednostavnih šećera, niskim unosom omega-3 masnih kiselina te niskim unos prehrambenih vlakana. Također, pretpostavlja se da je odličan terapijski učinak isključive enteralne prehrane (exclusive enteral nutrition, EEN) kod djece s Crohnovom bolešću posljedica utjecaja enteralnih pripravaka na crijevnu mikrobiotu. Međutim, zasad ne postoje znanstveni dokazi da određena hrana ima štetan ili zaštitni učinak kako na nastanak bolesti tako i na njezin tijek.

Iako su istraživanja pokazala promjene u crijevnoj mikrobioti u pacijenata na EEN, podaci su ograničeni te nema studija koje su usporedile crijevnu mikrobiotu bolesnika sa CD na EEN s onom u zdravih ispitanika na istoj prehrani. Nadalje, ne postoje dugoročene studije praćenja crijevne mikrobiote nakon primjene EEN, odnosno nakon uvođenja uobičajene prehrane kod pacijenata. Stoga je cilj ovog istraživanja odrediti sastav crijevne mikrobiote u novodijagnosticiranih bolesnika s IBD-om prije liječenja, tijekom terapije EEN te svaka dva mjeseca nakon završetka primjene EEN tijekom prve godine bolesti. Također, crijevna mikrobiota u bolesnika s CD na EEN usporediti će se s crijevnom mikrobiotom braće i sestara koji pristanu uzimati EEN kroz dva dana.