Panele za vrednovanje projektnih prijedloga prijavljenih na natječaje Hrvatske zaklade za znanost osnovao je Upravni odbor 2016. godine na temelju javnog poziva javnim znanstvenim ustanovama. Osnovne zadaće panela jesu procjena o upućivanju projektnih prijedloga u daljnji postupak vrednovanja, utvrđivanje recenzenata te osiguravanje provedbe postupka vrednovanja u skladu s općim aktima Zaklade. Paneli analiziraju sve dobivene recenzije i donose preporuke za prihvaćanje, odnosno neprihvaćanje projektnih prijedloga. Paneli također osiguravaju provođenje postupka vrednovanja prijava kandidata za mentore doktoranada, rangiranje prijava i davanje preporuka za financiranje doktoranada Upravnom odboru Zaklade.
Paneli su osnovani prema znanstvenim područjima: prirodne znanosti, tehničke znanosti, biotehničke znanosti, biomedicina i zdravstvo, društvene znanosti te humanističke znanosti. Ovisno o prijavama projektnih prijedloga na pojedini natječaj osniva se panel za interdisciplinarno područje.
Počevši od natječajnog roka IP-2019-04 odnosno UIP-2019-04, Upravni odbor je donio odluku o okrupnjivanju panela i povezivanju društvenih s humanističkim znanostima te prirodnih s tehničkim znanostima, dok su biomedicinske znanosti, biotehničke znanosti i biologija povezane u znanosti o životu.
Na taj se način ujednačava postupanje u vrednovanju projektnih prijedloga jer su svi paneli interdisciplinarni, a svi članovi panela vrednuju približno jednak broj projektnih prijedloga.
Mandat članova panela traje tri godine s mogućnošću jednog reizbora. Imenovani članovi panela za vrijeme trajanja mandata mogu prijaviti projektni prijedlog ili biti u statusu suradnika na projektu, međutim u tom se slučaju isključuju iz postupka vrednovanja na tom natječajnom roku.