dr. sc. Robert Vaser

dr. sc. Robert Vaser

DR. SC. ROBERT VASER

Algoritmi za de novo sastavljanje velikih genoma

Prikaz grafa korištenog za sastavljanje vinske mušice

U tijeku rada na temi svog doktorskoga rada pod naslovom Algorithms for Genome Assembly of Large Genomes Robert Vaser je razvio nekoliko novih algoritama i ujedinio ih u alat za sastavljanje genoma Raven.

Sastavljanje genoma odvija se u tri faze. U prvoj se fazi traži preklapanje svih očitanja i iz njih sastavlja graf. U drugoj se fazi graf pojednostavljuje s ciljem određivanja jedinstvenog puta preko svih očitanja. U zadnjoj se fazi izlazna sekvenca dodatno polira radi smanjenja pogreške.

Osnovna ideja korištena u Ravenu je klasifikacija ulaznih očitanja. Na taj način omogućava se odvajanje artefakata nastalih tijekom sekvenciranja u ranoj fazi sastavljanja kao i olakšano rješavanje ponavljajućih regija koje mogu zauzimati i više od 50 % genoma.

U Ravenu je Robert Vaser ostvario znanstvene doprinose u svakoj od tri faze sastavljanja. Razvio je novi, brži algoritam za preklapanje očitanja. Realizirao je novi pristup u fazi pojednostavljenja koristeći metodu prikaza grafova koja olakšava traženje „lažnih” preklapanja. Razvio je novi brzi vektorizirani algoritam za međusobno preklapanje više sljedova/očitanja, čime se ubrzava poliranje genoma.

Iako je znanstveni rad o tome kako funkcionira još uvijek u fazi izrade, objavom koda Raven postigao je znatan odjek u znanstvenoj zajednici. Nekoliko studija koje su uspoređivale različite alate u zadnjoj godini dana pokazalo je da po svojim karakteristikama spada među dva do tri najbolja. Ono što ga odlikuje je brzina izvođenja, mala potrošnja memorije, te manja fragmentiranost izlaznog genoma. Raven proizvodi do 10x manje fragmenata nego ostali alati, a ukupna duljina sastavljenoga genoma bliska je onoj eksperimentalno utvrđenoj.

Mentor: prof. dr. sc. Mile Šikić (Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva)

Natječajni rok: DOK-2014-06

Robert Vaser rođen je 2. svibnja 1991. godine u Čakovcu. Upisao je Fakultet elektrotehnike i računarstva Sveučilišta u Zagrebu 2010. godine. Završio je modul računarske znanost te stekao titule sveučilišnog prvostupnika inženjera računarstva 2013. godine i titulu magistra inženjera računarstva, s velikom pohvalom, 2015. godine. Iste godine upisao je doktorski studij te je bio zaposlen na HRZZ projektu „Algoritmi za analizu slijeda genoma”. Krajem 2019. godine obranio je doktorsku disertaciju pod naslovom „Algoritmi za de novo sastavljanje velikih genoma” s najvećom pohvalom. Robert je objavio dva znanstvena rada te pet konferencijskih radova pod mentorstvom prof. dr. sc. Mile Šikića.